Prezenční (denní) studium:

• Ekonomie

• Master in Economics and Finance (výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• Mediální studia 

• Žurnalistika

• Americká studia

• Evropská studia

• Německá a rakouská studia

• Balkánská, euroasijská a středoevropská studia

• Západoevropská studia

• Central and Eastern European Studies (výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• Balkan, Eurasian and Central European Studies (výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• European  Studies (výuka v anglickém  jazyce, studium za úhradu)

• Central European Comparative Studies (výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• Transatlantic Studies (výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• Bezpečnostní studia

• Mezinárodní vztahy

• Politologie

• Geopolitical Studies ( výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• International Masters in Economy State and Society (výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• International Economic and Political Studies (výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• Master in International Security Studies (výuka v anglickém jazyce, studium za úhradu)

• Sociologie

• Veřejná a sociální politika

Kombinované (dálkové) studium:                                                                                                  

• Mediální studia

• Central European Comparative Studies

• Veřejná a sociální politika

Navazující magisterské studium na FSV UK

Navazující magisterské studium na FSV UK navazuje na 6 páteřních oborů bakalářského studia (Ekonomie, Politologie a mezinárodní vztahy, Sociologie a sociální politika, Sociologie a  sociální antropologie, Teritoriální studia a Žurnalistika). Navazující magisterské obory jsou na rozdíl od bakalářských oborů užší (například se studuje odděleně politologie a mezinárodní vztahy) případně specializované na zvláštní problematiku (kromě mezinárodních vztahů je možné studovat též bezpečnostní studia orientovaná na mezinárodní otázky).

Kromě prezenčního studia navazujících magisterských oborů se na FSV UK nabízí též studium v kombinované formě (Mediální studia, Veřejná a sociální politika) a také studium v anglických programech, které jsou placené (v současnosti nabízí FSV již 7 takových programů).

I v navazujícím magisterském studiu v českých programech je kladen důraz na výuku v cizím jazyce a mnoho přednášek či seminářů je vedeno v anglickém případně německém či francouzském jazyce. Studenti mají navíc pestré možnosti k výjezdům do zahraničí (skrze Erasmus i meziuniverzitní dohody).

V rámci navazujícího magisterského studia jsou dva hlavní, na první pohled neslučitelné, cíle: využití znalostí a dovedností odborníků z praxe a hlubší teoretická průprava. Mnohé přednášky jsou vedeny odborníky z praxe (státních úřadů, soukromých firem), naopak přednášky kmenových pracovníků fakulty jsou zpravidla poměrně teoretické a připravují studenty na studium v doktorských studijních programech.

Studenti navazujícího magisterského studia se také zapojují do výzkumných projektů s pracovníky fakulty. Jde o zapojení do výzkumných kolokvií, grantových projektů vč. Možnosti podávat samostatné žádosti  o prostředky z Grantové agentury UK. Platí, že nejlepší magisterští studenti již před získáním diplomu publikují články v odborných časopisech nebo kapitoly v odborných knihách.